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微濾膜的污染與過濾阻力主要是來自于被截留的溶質或顆粒在膜的表面形成的濃差極化和濾餅層的阻力，以及顆粒在膜微孔中的吸附和堵塞。因此，膜污染的防治也應從消除或減小濾餅層，以及防止膜孔堵塞等方面著手。例如，采用親水性的膜可以減少含蛋白質的顆粒在膜表面的吸附，從而減少蛋白質對膜的污染；而待分離料液中的顆粒多帶有負電荷，所以可使用帶負電荷的微濾膜以減少顆粒在膜表面的沉積；此外，現有的微濾膜多為對稱結構，料液中的顆粒很容易在膜孔中聚集而堵塞膜孔，制備具有不對稱結構的微濾膜，則可以將顆粒截留在膜表面，避免顆粒進入膜孔內部，從而減少膜孔的堵塞。
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