食品安全檢測箱MS)定性檢測，當(dāng)基質(zhì)較為復(fù)雜時，用 LC–MS 甚至用 GC–MS–MS 確證。

食品安全檢測箱有害化合物殘留、漁藥和獸藥殘留檢測儀器:由于這類殘留物較復(fù)雜，一般用液相色譜儀進(jìn)行檢測為主，以氣象色譜儀、離子色譜(IC)、薄層色譜(TLC)等輔助檢測。當(dāng)需要做多種殘留快的速檢驗(yàn)，幾乎均用 LC–MS–MS。

有害元素及其價態(tài)的檢測儀器:常用的檢測儀器是原子熒光光譜儀(AFS)、原子吸收光譜儀(AAS)、電感耦合等離子光譜儀(ICP)和具有更高靈敏度的 ICP–MS;為鑒定元素的價態(tài)，一般采用元素分析儀與各種色譜分離系統(tǒng)聯(lián)用。

細(xì)菌病源性檢測儀器:傳統(tǒng)的檢測儀器是用鏡檢和菌落計(jì)數(shù)器等，目前用于細(xì)菌、致病菌鑒定的儀器有六種以上。廣為應(yīng)用的儀器包括基因檢測儀器、碳源代謝利用率檢測儀器、生物芯片技術(shù)平臺、基于表面等離子諧振(SPR)儀器及基于細(xì)菌特征脂肪酸譜的儀器。

微生物毒素檢測儀器:目前使用較多的是酶標(biāo)儀、薄層色譜儀、，內(nèi)源毒素類可用液相色譜儀或分光光度計(jì)檢測;近年來海洋生物毒素的檢測廣泛運(yùn)用液相色譜儀以及 CE 和 CE–MS 聯(lián)用儀檢測。

轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測儀器:主要方法包括基因轉(zhuǎn)錄水平和基因水平的檢測，主要使用離心機(jī)等制備基因樣品的設(shè)備，用基因擴(kuò)增儀(PCR)和酶標(biāo)儀、電泳系統(tǒng)等進(jìn)行分離、分析和檢測的儀器。