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1. 種子培養(yǎng)期染菌

種子培養(yǎng)的目的主要是使微生物細胞生長和繁殖，增加微生物的數(shù)目，為發(fā)酵做準備。一般種子的微生物菌體濃度較低，而其培養(yǎng)基的營養(yǎng)又十分豐富，容易發(fā)生染菌。若將污染的種子帶入發(fā)酵罐，則會造成更大的危害，因此應嚴格控制種子染菌的情況的發(fā)生。一旦發(fā)現(xiàn)種子受到雜菌的污染，應經(jīng)滅菌后棄去，并對種子罐、管道等進行仔細檢查和*滅菌。

2. 發(fā)酵前期染菌

在發(fā)酵前期，微生物菌體主要是處于生長、繁殖階段，這段時期代謝的產(chǎn)物很少，相對而方這個時期也容易發(fā)生染菌。染菌后的雜菌迅速繁殖，與生產(chǎn)菌爭奪培養(yǎng)基中的營養(yǎng)物質(zhì)，嚴重干擾生產(chǎn)菌的正常生長、繁殖及產(chǎn)物的生成，甚至會抑制或殺滅生產(chǎn)菌。

3. 發(fā)酵中期染菌

發(fā)酵中期染菌將會導致培養(yǎng)基中的營養(yǎng)物質(zhì)大量消耗，并嚴重干擾生產(chǎn)菌的生長和代謝，影響產(chǎn)物的生成。有的雜菌在染菌后大量繁殖，產(chǎn)生酸性物質(zhì)，糖、氮等的消耗回事，菌體發(fā)生自溶，致使發(fā)酵液發(fā)黏，并產(chǎn)生大量的泡沫，最終導致代謝產(chǎn)物的積累減少或停止；有的染菌后會使已生成的產(chǎn)物被利用或破壞。從目前的情況來看，發(fā)酵中期染菌一般較難挽救，危害性較大，在生產(chǎn)過程中應盡力做到早發(fā)現(xiàn)、快處理。

4. 發(fā)酵后期染菌

由于到了發(fā)酵后期，培養(yǎng)基中的糖、氮等營養(yǎng)物質(zhì)已接近耗盡，且發(fā)酵的產(chǎn)物也已積累較多，如果染菌量不太大，對發(fā)酵的影響相對來說就要小一些，可繼續(xù)進行發(fā)酵。如污染嚴重，破壞性較大，可以采取措施提前放罐。發(fā)酵后期染菌對不同產(chǎn)物的影響不同，如抗生素、檸檬酸發(fā)酵后期染菌影響不大，而、酸和、賴氨酸等發(fā)酵后期染菌會影響產(chǎn)物的產(chǎn)量、產(chǎn)物提取和產(chǎn)品質(zhì)量。