殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢，
殺菌方法
當今使用的巴氏殺菌程序種類繁多?！暗蜏亻L時間”(LTLT)處理是一個間歇過程，如今只被小型乳品廠用來生產一些奶酪制品?！案邷囟虝r間”(HTST)處理是一個“流動”過程，通常在板式熱交換器中進行，如今被廣泛應用于飲用牛奶的生產。通過該方式獲得的產品不是無菌的，即仍含有微生物，且在儲存和處理的過程中需要冷藏?！翱焖侔褪蠚⒕敝饕獞糜谏a酸奶乳制品。目前國際上通用的巴氏高溫消毒法主要有兩種：
一種是將牛奶加熱到62~65℃，保持30分鐘。采用這一方法，可殺死牛奶中各種生長型致病菌，滅菌效率可達97.3%~99.9%，經消毒后殘留的只是部分嗜熱菌及耐熱性菌以及芽孢等，但這些細菌多數是乳酸菌，乳酸菌不但對人無害反而有益健康。
第二種方法將牛奶加熱到75~90℃，保溫15~16秒，其殺菌時間更短，工作效率更高。但殺菌的基本原則是，能將病原菌殺死即可，溫度太高反而會有較多的營養(yǎng)損失。
工藝流程
巴氏殺菌機是是將溫度控制儀設定好PU值給轉化為各溫區(qū)水槽的實際控制溫度的曲線，在通過對于溫度的檢測精確的控制各溫區(qū)的溫度的變化。主傳動電機帶動上下兩層的輸瓶鏈網將物料一次的經過三個溫區(qū)的逐級的升溫預熱，和兩個溫區(qū)的殺菌以及三個溫區(qū)的逐級的降溫和冷卻的過程。
