紫外線系統(tǒng)的經(jīng)濟(jì)學(xué)決定于以下因素：設(shè)備造價(jià)和壽命；電效率；運(yùn)行中殺菌效果的降低程度；電費(fèi)等。對(duì)于紫外線消毒系統(tǒng)的經(jīng)濟(jì)分析尚未做出定論，有很多結(jié)論不同的分析報(bào)道，有觀點(diǎn)認(rèn)為紫外線殺菌裝置電耗大，設(shè)備維護(hù)費(fèi)和造價(jià)較高。對(duì)于大系統(tǒng)，設(shè)備投資比臭氧系統(tǒng)高，運(yùn)行費(fèi)用與臭氧相仿；但對(duì)于純凈水制造的小型系統(tǒng)投資較臭氧裝置為低。也有觀點(diǎn)認(rèn)為對(duì)于數(shù)千噸/日以上的處理規(guī)模，紫外線消毒系統(tǒng)的投資和運(yùn)行成本很具優(yōu)勢(shì)，要比加氯和臭氧消毒的花費(fèi)都低得多。例如有分析資料報(bào)道，在建造人口數(shù)為10~25000范圍的小型飲用水處理廠時(shí)，紫外線、二氧化氯和臭氧消毒費(fèi)用的近似比例為1:4：（8~9），對(duì)于人口數(shù)大于500000的社會(huì)團(tuán)體，費(fèi)用比約為1:2.5:2.5。

這些費(fèi)用的估計(jì)中沒(méi)有包括采用非紫外線消毒工藝時(shí)可能附加的去除消毒副產(chǎn)物和隱孢子蟲(chóng)孢囊的費(fèi)用。另外還有分析數(shù)據(jù)顯示紫外線消毒的投資和運(yùn)行成本均低于氯消毒，消毒成本約為氯的一半，但其差別隨著水處理規(guī)模的擴(kuò)大而縮小。

在法國(guó)和前蘇聯(lián)，紫外線消毒局限于小型設(shè)備，所建立的大型設(shè)備是將紫外線燈串聯(lián)安裝在濾后水的總管內(nèi)。在美國(guó)紫外線消毒也限于小設(shè)備和泳池，并常與其他消毒劑聯(lián)用。但在實(shí)際應(yīng)用中報(bào)道采用紫外線消毒的飲用水廠的規(guī)模已有超過(guò)150萬(wàn)噸/日。